Antik Japonya'da geçen Shadow of the Ninja, zengin grafikler ve animasyonlar sunan yan kaydırmalı bir bulmaca platform oyunudur. Oyuncular, barışçıl köyünü kötü bir samuray klanından geri almak için görünmezlik ve ışınlanma gibi ölümcül olmayan gizlilik güçlerini kullanan çırak bir ninja olan Akane rolünü üstlenecekler.